1 ) 新鮮細胞：

裂解液的量不足，使得裂解不充分。

2 ) 新鮮組織：

某些含有內源性核酸酶的樣品，很難避免RNA酶的降解，建議采用的方法為在液氮條件下將組織研碎，并且，勻漿時采用更多的裂解液。

3 ) 冷凍樣品：

樣品取材后應該迅速置于液氮中冷凍存放，然后轉移到-70℃冰箱存放。如果未經液氮速冷直接轉移到-70℃冰箱存放，會造成RNA緩慢降解。樣品研磨后，在液氮剛剛揮發完時，將樣品迅速轉移到含裂解液的容器中，立即混勻勻漿。

4 ) 外源 RNA 酶的污染：

試劑、器械等實驗用品應該采用DEPC 水滅菌處理。

5 ) 內源 RNA 酶的污染：

抑制劑失效或者用量不夠，實驗樣品過多或者勻漿溫度過高。